所以如此。
袁世凯编练的新式军队，因为编练的比较成功。所以他对部下没有绝对的指挥权。命令发布后，下级发生了抗命行为，加上袁世凯自己的犹豫，所以才没有发动进攻。
那么，为什么后来慈禧重新掌权后，没能对袁世凯进行处罚呢？作为传统的军事主官拥有全部权力。你要对自己的指挥权负全责。战胜了有上级奖励，打败了受到上级处罚，有可能会被自己的部下取代，所以他们不能轻易犯错。有应付上级的需求，也有被部下背叛的可能，风险一直存在，而且很大。当袁世凯失去了部分指挥权，也就意味着他的指挥权是和下级分享的，如果有奖励，是他们都有奖励，如果是处罚，他们一起受罚，因为他们是一个集体。所以被部下背叛的可能性变小，所以在袁世凯有部下支持的情况下，才有能力向上抗争，慈溪的权术手段，也无能为。
而这时的背景是什么？新军武卫军一共5部，有4部和八国联军进行交战，被击溃后残部四散逃跑。荣禄和董福祥两人带一部分跟慈溪外逃。作为原来同属于李鸿章北洋团体关系比较亲密的聂世成，宋庆两部分，聂士诚战死，宋庆老迈（1902年没得）而且他们刚刚打了败仗，失去了组织，有时候上级的权威可以强行执行，但不代表下面的人没有反对意见。下级军官也是有彼此的关系，互相联系的（北洋武备学堂，留洋经历，受训过程）。他们看到袁世凯也受到命令，但却抗命，一下就感觉找到组织了。袁世凯有意拉拢他们，他们有意投靠。三部分军队开始合流，袁世凯部，开始增加到15000人。
新军一共5部分，但每个部分的数量是不一样的。比如，作为中军亲王荣禄统帅的部分就有1万多人。袁世凯有7500人，原来只占新军1/8的比例。在其他四部大量逃散损失的情况下， 他在新军中的比例开始上升到1/3，甚至1/2。
而作为部队老长官的李鸿章。作为老牌传统人物，他对部队的控制是三个方面。一个方面是外部压力，以慈溪为首的中央势力一直想完成对军队的吞并，控制。而将部队作为私产的军队主官自然会反对，互相抱团。一个方面是内部的互相制约。比如袁世凯、宋庆、聂世成三部，作为一个三角形互相制约。加上后勤财力的控制。一个方面是私相授予，情义拉拢，利益输送。
1901年，李鸿章去世。北洋集团拥有大量的财富，财富失去权力的庇护，将会变成肥羊，任人宰割。
此时袁世凯拥有军队，却没有后勤保障，原本就关系亲近，加
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