府镇以“近年风雨不调，人多疾病”为由，请求“如郡县立坛致祭”。在医疗方面，元代把三皇作为医家的神灵，在各地医学中普遍设立三皇庙，春秋祭祀。明初一度沿用元制，以三月三日、九月九日通祀三皇。但很快被朱元璋以亵渎三皇为由予以取缔。大概是碍于祖制，宣府军方并没有提出祭祀三皇的要求，只是希望设立风云雷雨山川社稷等祭坛。
对此，死守祖制的礼部认为“边卫似难比例”。倒是宣宗比较体贴下情，破例批准了这一请求。
随着军政的日益腐败，原本薄弱的医疗保障更加糟糕。镇守蓟镇的边将在奏本中提出：“各兵远来，原为保障地方。不幸有病，地方主家当为调理，何乃忍视仆卧当街……应着原歇之家，领回调理。或驱逐不容，及调理不善，至伤本兵者，歇家抵罪” 。把医治患病士兵的责任推给房东、歇家，完全是不负责任的表现。
不过，由于明代军户来源复杂，军队中有很多出身医学世家的官兵，这些人的存在，在一定程度上弥补了官医的不足。六安卫千户、神针李玉，桂林右卫百户刘廷震，桂林右卫医士郑景川，云南金齿卫的刘寅，等等，都是出身于卫所的名医。这其中，除了郑景川是官医外，其他几个人都属于民间草泽医生。为数众多的草泽名医的存在间接映衬出明朝卫所官医的无能。
同营房建设、军士优恤等方面的后勤保障相比，朝廷在卫所医疗方面倾注的精力少之又少，卫所医疗保障水平不仅远远不能满足军士们的实际需要，而且和前代相比也有很大的退步。类似“军前士卒有疾，即命良医治之”、“士卒疾者日食陈米，转生他疾。当给新米，以养其疾”、将帅设专职医生等元代旧制在明代不见了踪影，以至于总制陕西、延绥一带军务的杨一清为了治疗自己的疾病，不得不专门上书朝廷请求调自己熟悉的镇江卫医士睦榦来陕西。卫所军从大明中叶开始即不堪用，医疗保障太差，伤害了士气是其中一个重要原因。
不管是兽医还是医士人手奇缺，卫所医疗所需医药以及医学的办学经费原则上都由官方支给。但在户部强调节支的大背景下，以上经费往往需要卫所自行解决。就这样，在边军造就了一大批懂一点兽医的人，特别是马医、羊医，一个是作战及运输需要，另一个是食物需求。马跟羊就成了目前榆林地区的主要畜牧。
而章子俊的畜牧农场主要由这些刚从军队退下来的老弱组成，除了马跟羊，牛和猪也是重点，对比羊来说，猪、牛成长更快，牛主要是用作耕作及运输，猪就不必说了，就是
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