傅仁轨是傅斯年和夫人俞大綵唯一的儿子，935年9月生于北京。
傅斯年所以为儿子取名仁轨，所表达的是强烈的爱国情怀。
傅家是个大家族。在家谱中，傅仁轨本来是傅氏家族“乐”字辈。也就是说，正常情况下，傅斯年的儿子应该叫傅乐什么，为什么没有呢？
在孩子快出生时，傅斯年曾对他的好朋友罗家伦说，他不会按祖制给孩子起名字，如果是男孩，他要给孩子起名为“仁轨”。
罗家伦很不解，问为什么？
傅斯年笑话他说：“枉学历史，你忘记了中国第一个能在朝鲜对日本兵打歼灭战的就是唐朝的刘仁轨吗？”
刘仁轨（601年－685年3月2日 ），字正则，汴州尉氏（今河南省尉氏县张市镇）人。唐朝宰相、名将，汉章帝刘炟之后。
他自少孤贫，却恭谨好学，成年后博涉文史。在唐太宗时以直言敢谏闻名，累官至给事中。唐高宗即位后，历任青州刺史、带方州刺史、同中书门下三品等职。镇守百济期间，因救援新罗，并在白江口之战大败倭国、百济联军而名震天下。
傅斯年为儿子取名“仁轨”，就是表达誓将日寇赶出中国的决心。
1936年，傅仁轨随全家迁至南京。1937年中日战争爆发后，为避战乱，随母亲到江西庐山牯岭外公外婆家暂避。
傅斯年在婴儿日记中为儿子仁轨画了一张旅程图，并记着：“小宝第二个生日，是在牯岭外公外婆家过的。爸爸在南京看空袭！生下三年，走了一万多里路了！”
由此可想像那时在日本侵略军暴行之下，国人颠沛流离的惨况，也表达了傅斯年对儿子深深的爱。
不久，母子俩与傅斯年汇合，跟随中央史语所一路南行，在昆明住了几年。
1941年因傅斯年高血压病重，由昆明辗转至重庆。住医院几个月后，在重庆郊区山中，借屋暂居，籍以养病。
1942年初，傅斯年身体初愈，携妻儿迁往李庄。在李庄，傅仁轨度过了一段愉快的童年。母亲亲自教他和其他孩子学习功课包括英语，后来中央史语所创办的小学中，傅仁轨与其他孩子一起在此校就读，直至抗战胜利。
1947年，傅仁轨与母亲陪伴父亲到美国治病，期间，在美国康涅狄格州新港一家私立小学免费就读。
1948年8月，傅斯年病愈出院后，因放不下国内工作，他辞去美国几所大学的聘请，决定与母亲返回中国，此时
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