没了主意的毛利小五郎和妃英理找到阿笠博士，希望能做些什么，看看能不能找到和小兰失踪有关的线索。
阿笠博士在万般无奈的情况下，把柯南就是工藤新一的事情告诉了毛利小五郎，因为他和工藤新一都已经感觉到，这次黑暗组织是要搞大事情，他们需要很多人的帮助。
毛利小五郎和妃英理听到这个消息，也没有表现出特别的惊讶，毛利小五郎本身就是侦探，对于柯南的身份不会一点也没有察觉，而妃英理有女人的直觉，很多时候看着柯南对小兰的照顾，她也隐约感觉到一些。
这个时候需要大家齐心协力的想办法去营救小哀和小兰，所以柯南的身份在这时候不是重点，阿笠博士也找来了工藤新一的父亲工藤优作，工藤优作和毛利小五郎，两个人似曾相识的神情。
原来他们很早就彼此认识，是同一所警校的校友，工藤优作一直关注着毛利小五郎的动向，一是因为柯南在毛利小五郎家里的原因，二是他也很喜欢小兰这个女孩子，知道新一和小兰彼此喜欢。
对于黑暗组织他也知道一些，共同的目标让两个人没有什么寒暄，直接进入正题交流彼此知道的线索，这下毛利小五郎才意识到问题的严重性，这个黑暗组织要是拿小兰的安危要挟新一，这两个人就都有生命危险，所以必须尽快找到小兰。
这边柯南和秀一查到了琴酒离开时开的车子，顺藤摸瓜找到了黑暗组织的老巢，原来组织里的神秘大boss是宫本家的人，想要称霸整个日本，才想出建立组织制药，控制住人，然后为自己做事。
随后柯南把地址告诉了工藤优作，工藤优作和毛利小五郎他们一起救出了小哀和小兰。
但是幕后大boss逃跑了，事情似乎告一段落，似乎还有更大的阴谋，但是万幸人没有事。
“额，可惜这只是一厢情愿罢了！”白泽看着柯南。
“没错，只要柯南一天不完结，便有着无线的可能。”柯南看着白泽。
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