主角决定把蚁口也纳入行政管理之中。
蚁口部下辖的计划处负责根据需要制定下辖各蚁族的蚁口生育计划。
育幼处负责所有蚁族蚁卵、幼蚁和蚁蛹的照顾，相关场地及育幼蚁均由该处管理。
蚁后处负责所有蚁族蚁后的物资供应、起居照顾和护卫。这也相当于变相从各蚁族手里夺取了蚁后的控制权，控制了蚁后，就等于控制了这个蚁族的未来，这些蚁族将再也无力脱离神使王军团！
农业部负责全国的粮食及农作物生产事宜，根据粮食生产的方式和种类来划分下辖部门，包括种植处、养殖处、采集狩猎处、蜜露鸦蜜处、加工处，部长是一只切叶蚁雌蚁“百草”。
其中蜜露鸦蜜产业对于神使王军团而言非常重要，因此单独列为一个处。
加工处负责食物的再加工，比如发酵、浓缩、稀释、精炼等，有下属的工坊和工匠蚂蚁。
此外，军用苍蝇、甲虫的驯养叫军事部管理，农业部不管。一些非粮食类物资的采集，如植物纤维的采集，由工业部管理，农业部也不管。
工业部管理全国的高炉、作坊，下辖金属工业处、非金属工业处、原材料处等。
如今神使王军团相比其他蚁族有着更加强大的工业制造能力，能够生产铁制品等“高科技”产品，主角决定把工业的地位放到更高层面，因此组建了工业部。
第一任工业部部长是原先管理炼铁高炉的一只大头蚁神工蚁，名为“小石”。
金属工业处管理炼铁高炉等工坊，根据上级命令制定生产计划。
非金属工业处负责管理生产石器、陶器、绳索、木器等的作坊。
原材料处负责所有工坊所需原材料的收集，有一支庞大的工蚁队伍，不像以前那样，和农业部的外出采集食物的蚂蚁是混为一谈的。
科研部由“小秘二世”领衔，由原科研组改组而成，原先的几个科研小组根据研究方向被改组为下属部门，包括：农业科技处、工业科技、军事科技处、其他科技处。又新组建了后勤保障处、安保处作为行政处室。
主角对科研工作非常看重，为此给科技部专门配备了安保力量。
工程部主要负责国境内重要工程的施工，目前的大运河工程及其施工队就移交给了工程部。
工程部部长是一只铺道蚁雄蚁“浮叶二世”，部里下辖规划处、施工处等机构。
交通部负则大宗物资的巢穴间运输，目前的部分甲虫运输队全
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